シロアリ駆除の補助金はある？2026年度の自治体実例・探し方・雑損控除

「シロアリ駆除に補助金は使えるのか」を、2026年度の自治体の制度（公式ページで確認）と国税庁の公表資料をもとに整理しました。 自分の市区町村の制度の探し方と、47都道府県別の確認先も載せています。

シロアリ駆除の補助金は「リフォーム補助の一部」が中心

シロアリ駆除そのものを目的にした補助金は多くありません。実際には、市区町村が地域経済の活性化などを目的に行っている住宅リフォーム補助の「対象工事」にシロアリ駆除が含まれるかどうか、という形で扱われるのが一般的です。 そして、その扱いは自治体によってはっきり分かれます。

2026年度の自治体の実例（公式ページで確認）

以下は、当サイトが2026年10月15日に各自治体の公式ページ・公式資料で内容を確認できた例です。 シロアリ駆除の扱いが「対象」「条件付き対象」「対象外」に分かれていることがわかります。

ポイントは、対象になる自治体でも「改修工事を伴うもの」「リフォーム工事が伴えば可」という条件がついていることです。 床下の薬剤散布だけの駆除工事は、確認した範囲では補助の対象になっていません。被害を受けた土台・床の補修など、リフォーム工事と一緒に行う場合に検討しましょう。

自分の市区町村の補助制度を調べる方法

1. 支援制度の検索サイトで探す：一般社団法人 住宅リフォーム推進協議会の地方公共団体における住宅リフォーム支援制度検索サイトで、都道府県・市区町村ごとのリフォーム支援制度を検索できます（最新情報は各自治体に確認するよう案内されています）。
2. 自治体の公式サイトで検索する：「（市区町村名） 住宅リフォーム 補助」で探し、制度ページの要綱・手引き・対象工事一覧を開きます。
3. 「シロアリ」「白蟻」「防蟻」で探す：対象工事一覧（PDF）の中でこの3語を探します。「対象外」の欄に書かれていることもあるので、どちらの欄かを必ず確認してください。
4. 窓口に電話で確認する：担当課（住宅・建築・商工など自治体で異なる）に、工事内容と見積もりを伝えて対象かどうかを確認します。

申請の流れ（一般的な例）

1. 制度の確認：対象工事・補助額・受付期間・定員を確認
2. 見積もりの取得：補助の対象になる工事とならない工事を分けた、項目別の見積書を作ってもらう
3. 交付申請（事前申込）：工事を始める前に申請書と添付書類（見積書の写し・工事前の写真など）を提出
4. 交付決定の通知を待つ：決定前に着工すると対象外になる制度がある
5. 工事の実施：確認した3自治体はいずれも、市区町村内の業者による施工が条件
6. 完了報告・請求：領収書や工事後の写真などを提出（瀬戸内町は完了後10日以内）

※ 彦根市のように「事前申込→抽選→工事完了後に交付申請」という流れの自治体もあります。順番は自治体ごとに必ず確認してください。

どの業者に頼むか決める前に、補助の条件（確認した3自治体はいずれも市区町村内の業者による施工が条件）を確認しておくと、後から「対象外だった」となるのを防げます。 見積もりは複数社の相見積もりで、項目別の内訳を出してもらいましょう。 料金を公式サイトで公開している業者の例として、シロアリ110番（1㎡1,320円・66㎡以下一律88,000円、税込）の料金と口コミの検証もあわせて参考にしてください。 ただし、補助を使う場合は依頼先が自治体の条件（市区町村内の業者による施工など）に合うかを別途確認してください。

申請時の注意点

工事前の申請が前提

確認した自治体はいずれも、工事の前に申込みが必要です（常陸大宮市・瀬戸内町は交付申請→決定→着工、彦根市は事前申込→抽選→工事→完了後に交付申請）。着工してから気づいても補助は受けられないため、業者と契約する前に制度を確認してください。

受付期間・定員・予算に上限がある

彦根市は受付期間（2026年度は4月1日〜7月31日）と抽選、瀬戸内町は定員20件、常陸大宮市は予算がなくなり次第終了です。年度の早い時期に募集が始まり、早めに締め切られることがあります。

対象工事の範囲を見積書の項目ごとに確認

「改修工事を伴う場合のみ対象」のように条件がつくことが多いため、見積書の項目ごとに対象かどうかを窓口で確認してください。

補助金以外で負担を軽くする方法

1. 雑損控除（所得税）

国税庁の質疑応答事例「シロアリの駆除費用」では、シロアリによる被害は「害虫その他の生物による異常な災害」にあたり、被害の修繕費用と、そのシロアリを駆除するための費用は雑損控除の対象とされています。 一方で、被害を事前に防ぐための費用や、駆除とあわせて行う予防のための費用は対象外です。

控除額は「（損害金額＋災害等関連支出−保険金等）−総所得金額等×10％」と「（災害関連支出−保険金等）−5万円」のうち多いほうで、 確定申告の際は支出の領収書を添付または提示します（国税庁 No.1110 雑損控除）。見積書・領収書は「駆除」と「予防」を分けて書いてもらうと判断しやすくなります。個別の判断は税務署にご確認ください（2026年10月15日確認）。

2. 火災保険

シロアリ被害そのものは火災保険の補償対象外が原則です。例外になりうる条件はシロアリ駆除と火災保険・地震保険で整理しています。

47都道府県別 補助制度の確認先

シロアリ駆除に関わる補助は市区町村単位の制度です。以下は都道府県ごとの確認先の目安です（個別の制度内容は当サイトで確認したものではありません）。お住まいの市区町村に直接お問い合わせください。

まとめ：契約の前に「対象工事一覧」を確認

シロアリ駆除の補助は、市区町村の住宅リフォーム補助の中で扱われることが多く、2026年度の制度でも「改修工事を伴えば対象」と「対象外」に分かれていました。業者と契約する前に、お住まいの市区町村の対象工事一覧で「シロアリ」「白蟻」「防蟻」の記載を確認し、窓口に問い合わせてください。 補助の対象にならない場合でも、駆除費用と修繕費用は雑損控除の対象になります。